มาซามุเนะ ชิโรวส์ ผีในเปลือกหอย เป็นที่รู้จักกันเป็นอย่างดีในการแก้ปัญหา transhumanism และปรัชญาเกี่ยวกับจิตสำนึก Transhumanism เป็นแนวคิดที่ว่ามนุษย์สามารถวิวัฒนาการผ่านสิ่งที่ร่างกายและจิตใจของตนเองสามารถนำเสนอได้ด้วยความช่วยเหลือจากวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ในสายตาของตัวเอกของซีรีส์ มาโกโตะ คุซานางิ หรือที่รู้จักในนาม The Major ผู้ชมจะเห็นว่าแนวคิดเหล่านี้ส่งผลต่อสังคมอย่างไร วิดีโอเกมที่อิงตามแนวคิดจะเหมาะอย่างยิ่งสำหรับแฟรนไชส์ ตราบใดที่เรื่องราวที่มั่นคงสามารถสำรองข้อมูลได้
ถึง ผีในเปลือกหอย ประสบการณ์บุคคลที่สามจะช่วยให้ผู้เล่นสามารถควบคุม Major ได้ในขณะที่เธอไต่ระดับการเพิ่มขึ้นของ cyberpunk Japan ในการแก้คดีสำหรับ Public Security Section 9 หลังจากบทช่วยสอนสั้น ๆ โครงเรื่องจะหมุนไปรอบ ๆ เทคโนโลยีเสมือนจริงใหม่ ที่ดูเหมือนจะขโมยจิตสำนึกของผู้เล่น ปล่อยให้ร่างกายไม่เคลื่อนไหว เนื่องจากวิชาเอกเป็นไซเบอร์เนติกส์โดยสมบูรณ์แล้ว และ 'วิญญาณ' หรือ 'วิญญาณ' ของเธอก็ไม่ใช่คนแปลกหน้าสำหรับรูปแบบที่เคลื่อนไหว เธอจึงเป็นผู้สมัครหลักที่จะร่วมผจญภัยในเทคโนโลยีนี้และเปิดเผยความลึกลับ
ผ่านการเปลี่ยนจากโลกทางกายภาพไปสู่โลกดิจิทัล เส้นเปรียบเทียบระหว่างผู้ที่เป็น 'ผู้เล่น' ของเกมจะเบลอ ในความเป็นจริงผู้เล่นควบคุมมาโกโตะไม่ว่าอะไรจะเกิดขึ้น แต่รูกระต่ายเล่าเรื่องนั้นลึกกว่าเมื่อ ผู้เล่นควบคุมมาโกโตะ , การควบคุมตัวเอง คำถามที่ลึกกว่านั้นจะไม่เกิดขึ้นจนกว่าเกมจะถึงจุดกึ่งกลางของเกมในขณะที่โลกเสมือนจริงที่ผู้เล่นเดินทางทำหน้าที่เป็นสภาพแวดล้อมที่เปลี่ยนแปลงไป สภาพอากาศและศัตรูที่เปลี่ยนไปตามที่ต้องการ
เมื่อเกมดำเนินไป ผู้เล่นจะได้พบกับผู้คนที่สติถูกขโมยไป และพวกเขาจะอธิบายว่าโลกเสมือนจริงกับโลกของพวกเขานั้นไม่แตกต่างกันมากนัก ผู้เล่นสามารถตั้งคำถามและแม้กระทั่งช่วยคนเหล่านี้ให้ค้นพบเรื่องราวของพวกเขาและเรื่องราวรอบๆ ตัวมากขึ้น ตัวเลือกบทสนทนาทำหน้าที่เป็นชิ้นส่วนของแนวคิดที่ใหญ่กว่าว่าไม่ว่าผู้คนจะอาศัยอยู่ที่ไหนก็ตาม ผีของพวกเขาคือสิ่งที่รับรู้ถึงความเป็นจริงของพวกเขา ร่องรอยอันตรายที่ตามมาของมาโกโตะจะนำเธอไปสู่ศัตรูหลักของเกมและการเปิดเผยที่ผู้เล่นจะมองไม่เห็น
ในที่สุด การเผชิญหน้ากับภัณฑารักษ์ของโลก VR ที่อันตรายนี้จะเป็นผู้สร้างเกมในฐานะการต่อสู้ระดับหัวหน้าที่ไม่เกี่ยวกับการแข่งขันทางกายภาพและการต่อสู้ทางความคิดมากกว่า ในขณะที่เทคโนโลยียังคงพัฒนาต่อไป ผู้สร้างเชื่อว่าวิญญาณทุกคนสมควรได้รับโอกาสในชีวิตที่ดีขึ้นภายในเครื่องจักร ในขณะที่มาโกโตะเชื่อว่าวิญญาณเหล่านั้นสมควรได้รับตัวเลือกนั้น ในท้ายที่สุด มาโกโตะจะเอาชนะผู้สร้างและปลดปล่อยผู้ที่ถูกจับจากเกม ผู้เล่นที่เป็นอิสระบางคนจะมีความสุขที่ได้กลับมาในความเป็นจริง ในขณะที่คนอื่นๆ ไม่ต้องการอะไรมากไปกว่าการได้กลับไปยังโลกนั้น
เรื่องราวแอ็กชันที่น่าสะพรึงกลัวจะจบลงด้วยความคิดที่ว่ามนุษย์มักจะมองหาทางหนีจากความเป็นจริงของพวกเขา แต่ท้ายที่สุดแล้ว พวกเขาเลือกได้ว่าจะต้องการให้ 'วิญญาณ' อยู่ในโลกที่สมบูรณ์แบบของพวกเขานานแค่ไหน แนวคิดนี้จะทำหน้าที่เป็น meta-commentary สำหรับการเพิ่มขึ้นของเทคโนโลยีในขณะที่มันกลายเป็นวิธีการหลบหนีมากขึ้น ผีในเปลือกหอย เป็นแฟรนไชส์ที่จะพูดเกี่ยวกับการเติบโตของวิดีโอเกมและวัฒนธรรมเทคโนโลยี และวิธีที่มันค่อยๆ เปลี่ยนแปลงภูมิทัศน์ของการใช้ชีวิตและปฏิสัมพันธ์ของผู้คน เกมที่มีแนวคิดพื้นฐานของเจตจำนงเสรีและการหลบหนีจะนำเสนอ เรื่องเล่าชวนคิด ในหัวข้อที่จะทำให้ผู้เล่นพูดคุยกันต่อไปอีกหลายปี