ดิ Assassin's Creed แฟรนไชส์บอกเล่าเรื่องราวจากมุมมองของ Assassin Order มาโดยตลอด ด้วย Templar Order ที่ปกป้องสันติภาพผ่านการขจัดเจตจำนงเสรี เป็นที่แน่ชัดเสมอว่าใครคือฝ่ายถูก อย่างไรก็ตาม มีชื่อหนึ่งว่า ได้แสดงทัศนะ ของ Templar Order -- และการที่เสื้อโค้ตตัวหนึ่งเกือบจะทำลายกลุ่มภราดรภาพแห่งอาณานิคมของ Assassin
Assassin's Creed Rogue แนะนำนักฆ่าหนุ่มชื่อ Shay Patrick Cormac ซึ่งเป็นสมาชิกของกลุ่มภราดรภาพอเมริกันก่อนสงครามเจ็ดปี เขาและเพื่อนของเขา Liam O'Brien ได้รับมอบหมายให้ตามล่าสิ่งประดิษฐ์ที่กลุ่ม Order เชื่อว่าผูกติดอยู่กับ Pieces of Eden สิ่งเหล่านี้มีอยู่นานก่อนการกำเนิดของลัทธิและมีพลังอันยิ่งใหญ่ที่หาก Templars สามารถควบคุมได้แม้กระทั่งหนึ่งในนั้น พวกเขาก็สามารถกดขี่มนุษยชาติทั้งหมดได้
ทั้งคู่สามารถค้นหาสิ่งประดิษฐ์หนึ่งชิ้นในวัดโบราณที่อยู่ใต้เมืองลิสบอน อย่างไรก็ตาม Shay รับสิ่งนี้ทำให้เกิดแผ่นดินไหวที่คร่าชีวิตผู้คนไปหลายพันคน ประสบการณ์นี้ทำให้เขาเชื่อว่า Assassin ไม่สนใจผู้บริสุทธิ์ ตอนนี้มองว่าพวกเขาตรงกันข้ามกับฮีโร่ที่เขาคิดว่าเป็น Shay หันหลังให้กับภาคี ทำให้ชีวิตของเขาตกอยู่ในความเสี่ยงเมื่อเพื่อนร่วมงานตามล่าเขา ในที่สุดเขาก็พบหนทางสู่ Colonial Rite of the Templar Order และจากที่นั่น เขาได้เข้าข้างศัตรูที่สาบานตนของ Assassin และให้คำมั่นว่าจะป้องกันไม่ให้เพื่อนร่วมงานเก่าของเขาพบวิหารอื่นอีก
ในช่วงสงครามเจ็ดปี Shay ได้ออกตามล่าคู่หูนักฆ่าเก่าของเขากับ Templar Grandmaster, Haytham Kenway เฮย์แธมเป็นบุตรชายของเอ็ดเวิร์ด เคนเวย์ นักฆ่าโจรสลัด แต่เขาถูกเลี้ยงดูมาเพื่อติดตามเทมพลาร์ ในช่วงหลายปีที่ผ่านมา เฮย์แธมและเชย์มีฐานรากที่แข็งแกร่งในอาณานิคมและชนะสงครามเจ็ดปีเพื่อเทมพลาร์ เขายังกำจัดสมาชิกที่ทรงพลังที่สุดของกลุ่มภราดรภาพอาณานิคม
ไคลแม็กซ์ของ Assassin's Creed Rogue เห็น Shay ฆ่า Liam และ Haytham เพื่อนเก่าของเขา ทำให้ Achilles Davenport ผู้นำของพวกเขาพิการ เป็นเวลาเจ็ดปีที่ Assassins ไม่เป็นระเบียบและไม่มีความเป็นผู้นำในขณะที่ Shay และ Templars ควบคุมอาณานิคมจากเงามืด จะใช้เวลาอีกเจ็ดปีจนกว่า Connor ลูกชายของ Haytham จะมาถึงและดำเนินการต่อในจุดที่ Achilles ทิ้งไว้โดยกำจัดภัยคุกคาม Templar ในอเมริกาและช่วยให้ประเทศได้รับชัยชนะเหนือมงกุฎอังกฤษในช่วงความขัดแย้งที่สำคัญที่สุดครั้งหนึ่งในประวัติศาสตร์คือ American Revolution
Cormac ยังคงทำงานกับ Templar Order ต่อไป โดยตามล่าวัตถุโบราณที่จะช่วยให้พวกเขาได้เปรียบกับ Assassins ขณะที่คอนเนอร์ยังคงปลดปล่อยอาณานิคม Shay อยู่ในปารีส โดยได้รับมอบหมายให้ฆ่า Assassin ที่ถือกล่องศักดิ์สิทธิ์ที่สามารถไขความลับโบราณและดำรงอยู่ได้ไกลเท่านักฆ่าชาวจีน Shao Jun นักฆ่าที่เขาฆ่าคือพ่อของ Arno Dorian นักฆ่าที่จะช่วยปลดปล่อยปารีสใน Assassin's Creed Unity . แม้ว่า Shay Cormac จะไม่ทำลาย American Brotherhood of Assassins อย่างสิ้นเชิง แต่เขาแสดงให้เห็นว่าพวกเขาสามารถพังทลายลงได้อย่างรวดเร็วเพียงใดเมื่อหนึ่งในนั้นสลับข้าง
