คำสั่ง 66 เป็นคำสั่งที่น่าอับอายที่สุดใน สตาร์ วอร์ส ประวัติศาสตร์ ส่งสัญญาณถึงจุดสิ้นสุดของสาธารณรัฐกาแลกติก และเริ่มการล่มสลายของคณะเจได ในขณะที่ทหารโคลนถูกบังคับให้เชื่อฟังคำสั่ง 66 เนื่องจากไบโอชิปที่ฝังอยู่ในศีล คาเรน ทราวิส ตำนาน ชุด หน่วยคอมมานโดสาธารณรัฐ วาดภาพการกระทำที่เข้มกว่ามาก
หน่วยคอมมานโดสาธารณรัฐ ชุดแสดงให้เห็นคำสั่ง 66 เป็นคำสั่งที่ทหารโคลนทั้งหมดได้รับการสอน มากกว่าที่พวกเขาถูกบังคับให้เชื่อฟัง เมื่อมองแวบแรก ภาคีก็ดูสมเหตุสมผลอย่างยิ่ง เนื่องจากเดิมสร้างขึ้นโดย Sifo-Dyas เพื่อปราบเจไดอันธพาลที่ต่อต้านสาธารณรัฐ คำสั่งนี้อยู่เหนือคำสั่ง 65 ซึ่งตั้งใจจะวางอธิการบดีหากมีปัญหาที่คล้ายกันเกิดขึ้น
ใน หน่วยคอมมานโดสาธารณรัฐ: ทรูคัลเลอร์ คำสั่ง 66 อธิบายไว้ดังนี้: 'ในกรณีที่เจ้าหน้าที่เจไดกระทำการขัดต่อผลประโยชน์ของสาธารณรัฐ และหลังจากได้รับคำสั่งเฉพาะที่ได้รับการยืนยันว่ามาจากผู้บัญชาการสูงสุด (นายกรัฐมนตรี) โดยตรง ผู้บัญชาการ GAR จะถอดเจ้าหน้าที่เหล่านั้นออกด้วยกำลังร้ายแรง และ คำสั่งของ GAR จะกลับไปเป็นผู้บัญชาการทหารสูงสุด (นายกรัฐมนตรี) จนกว่าจะมีการสร้างโครงสร้างการบัญชาการใหม่'
Traviss แสดงให้เห็นถึงความเป็นจริงที่โหดร้ายของ Clone Wars ซึ่งสร้างความตึงเครียดระหว่าง ทหารโคลน และแม่ทัพเจไดของพวกเขา โดยพื้นฐานแล้วได้รับการอบรมให้เป็นทาสของทหารในสาธารณรัฐ ชีวิตของทหารโคลนนั้นโดยพื้นฐานแล้วเทียบเท่ากับหุ่น กระบวนการเร่งอายุของพวกเขาทำให้มั่นใจได้ว่า Clone Trooper จะไม่มีวันบรรลุชีวิตที่สมบูรณ์นอกเหนือจากการต่อสู้ แม้ว่าโคลนจะมีลักษณะทางชีววิทยาเหมือนกันกับมนุษย์และสามารถสืบพันธุ์ได้ทางชีวภาพ โคลนยังสามารถแสดงอารมณ์ของมนุษย์ได้อย่างเต็มที่ ซึ่งทำให้เกิดความสับสนวุ่นวายภายในเกี่ยวกับการดำรงอยู่โดยสังเขปของพวกเขา
ทหารโคลนหลายคนเริ่มเหนื่อยเมื่อสงครามยืดเยื้อ เนื่องจากพวกเขาถูกบังคับให้ดูพี่น้องของพวกเขาล้มลงในการต่อสู้ หน่วยคอมมานโดสาธารณรัฐ: คำสั่ง 66 รายละเอียดความคับข้องใจภายในของหน่วย Delta Squad Commando Scorch ต่อการสูญเสียชีวิตครั้งนี้ เมื่อเขาได้ยินชื่อทหารโคลนที่ล้มลงหลายพันคน 'ตอนนี้ Scorch ไม่สามารถระบุชื่อครึ่งทีมในชุดของเขาที่ศูนย์ฝึกอบรม Tipoca ได้ไม่ต้องพูดถึงผู้ชายในนั้น เขารู้สึกละอายใจ ราวกับว่าเขาทรยศต่อพวกเขา' ข้อความนี้อ่าน เมื่อสงครามยืดเยื้อ ทหารโคลนจำนวนมากเริ่มไม่พอใจเจไดสำหรับการบาดเจ็บล้มตายเหล่านี้ แม้กระทั่งเรียกความสามารถของพวกเขาเป็นคำถาม
ทัศนคติของเจไดที่มีต่อ Clone troopers ไม่ได้ดีไปกว่านี้แล้ว เนื่องจากพวกเขามองว่าพวกเขาเป็นแค่ของใช้แล้วทิ้ง พวกเขาไม่สนใจเป็นพิเศษกับหน่วยคอมมานโดโคลนซึ่งพวกเขามองว่าเป็นนักล่าเงินรางวัลที่ได้รับอนุมัติจากรัฐสำหรับสาธารณรัฐ แม้จะไม่สนใจกองกำลังเหล่านี้ แต่เจไดก็เข้าใจถึงความจำเป็นของพวกเขาในสงคราม 'นั่นคือปัญหาของการมีร่างโคลนอัจฉริยะที่ได้รับการฝึกฝนโดยกลุ่มอันธพาลที่ไม่มีวินัย - พวกเขากลายเป็นคนแปลกประหลาดที่ดีที่สุดและไม่เชื่อฟังที่เลวร้ายที่สุด แต่พวกเขาอาจจะชนะสงครามเพื่อเรา อดทนไว้' ปรมาจารย์เจไดและผู้อำนวยการกองกำลังพิเศษ นายพล Arligan Zey อธิบายใน หน่วยคอมมานโดของสาธารณรัฐ: Triple Zero .
ผลของความไม่พอใจร่วมกันนี้ ไม่ใช่เรื่องยากสำหรับทหารโคลนจำนวนมากที่จะหันปืนของพวกเขาใส่อดีตผู้บัญชาการของพวกเขา แต่ยังคงมีค่าผิดปกติที่โดดเด่นอยู่สองสามคน Ion Team ซึ่งนำโดยกัปตัน Climber ไม่เพียงแต่ฝ่าฝืนคำสั่งเท่านั้น พวกเขาหันปืนต่อต้านกองกำลังของผู้บัญชาการ Salvo ที่พยายามซุ่มโจมตีกลุ่มเจได ฝูงบินโคลนอื่นๆ เช่น Omega Squad, Delta Squad และ Ordo Skirata ไม่เชื่อฟังคำสั่งเช่นกัน แต่แสร้งทำเป็นปฏิบัติตามเพื่อหลีกเลี่ยงความสงสัยจากจักรวรรดิ ในขณะที่โคลนนิ่งในฝูงบินหลังนั้นมีความสัมพันธ์ที่เปราะบางกับเจได พวกเขาก็ไม่ค่อยเชื่อในพัลพาทีนที่เปิดตัวโคลน Centax ตัวใหม่ที่มีอายุตามปกติ
ขณะที่แคนนอนถอดร่างโคลนออกจากความรับผิดในการดำเนินการของคำสั่ง 66 ตำนาน เผชิญหน้ากับการทรยศของพวกเขา ภาพที่ละเอียดอ่อนของ Order 66 นี้มืดกว่า Canon แต่ หน่วยคอมมานโดสาธารณรัฐ ให้ความลึกในการประหารชีวิตโดยทำให้ผู้กระทำความผิดโคลนและความทุกข์ทรมานของพวกเขามีมนุษยธรรม