อิตโตกิ ซากุระบะคิดว่าเขาเป็นแค่นักเรียนมัธยมต้นธรรมดาๆ ใน ชิโนบิ โนะ อิทโทกิ ตอนที่ 1 'สายฟ้าจากฟ้า' เขามีกลุ่มเพื่อนตามปกติ รวมทั้งเพื่อนรักในวัยเด็กที่ไม่ธรรมดาชื่อโคเซสึ และเพื่อนร่วมชั้นหญิงชื่อซาโตมิ สึบากิ ที่แอบชอบเขา หลังจากถูก Satomi ชวนไปเดท อิตโตกิก็ไปที่บ้านของหญิงสาวตามคำเรียกร้องของแม่ โดยหวังว่าจะเป็นแค่การเดทธรรมดาๆ อย่างไรก็ตาม หลังจากที่ปฏิเสธความก้าวหน้าทางเพศของ Satomi อิตโตกิก็รู้ได้อย่างรวดเร็วว่าเธอไม่ใช่เพื่อนร่วมชั้นทั่วไป อันที่จริงเธอเป็นนินจา ผู้ซึ่งถูกจ้างมาเพื่อฆ่าเขา .
โดยไม่รู้หรือเข้าใจเหตุผลของความพยายามในชีวิตของเขา อิตโตกิจึงวิ่งหนีเพื่อจะโดนนินจาซุ่มโจมตีอีก ที่อยากให้เขาตาย . โชคดีสำหรับอิตโตกิ โคเซสึและโทคิซาดะลุงของเขาปรากฏตัวขึ้นทันเวลาเพื่อช่วยชีวิตเขา แต่ไม่ทันที่คนหลังจะเปิดเผยว่าตัวเขาเองเป็นนินจา เมื่อโทกิซาดะพาอิทโทกิไปยังสถานที่ลับ เขาได้เรียนรู้เป็นครั้งแรกว่าเขาเป็นผู้สืบทอดตำแหน่งของพ่อในฐานะผู้นำของตระกูลอิงะ ชิโนบิ ตั้งแต่พ่อของเขาเสียชีวิตก่อนวัยอันควร แม่ของเขา Yumika ได้ทำหน้าที่เป็นหัวหน้ากลุ่มแม้ว่าจะไม่ได้เป็นนินจาก็ตาม
มรดกครอบครัวของ Ittoki Sakuraba ตั้งเป้าหมายไว้ที่หลังของเขา

หลังจากแนะนำอิตโตกิ ซากุระบะที่เต็มไปด้วยความอึดอัดและอึดอัดในตอนที่ 1 ชิโนบิ โนะ อิทโทกิ แนะนำเนื้อเรื่องหลักในตอนที่ 2 'ทางเลือกที่ไร้ความปราณี' เมื่อเขามีเวลาเล็กน้อยที่จะแยกแยะระเบิดความจริงขนาดมหึมาของการเป็นทายาทของเผ่านินจาอายุหลายศตวรรษ Ittoki เรียนรู้เพิ่มเติมเกี่ยวกับต้นกำเนิดครอบครัวที่อันตรายของเขา . ในกรณีนี้ เขาพบว่านินจายังคงมีอยู่ในญี่ปุ่นแต่ได้ปรับตัวเข้ากับชีวิตสมัยใหม่ สิ่งนี้นำมาซึ่งการเปลี่ยนแปลงวิธีที่ทหารรับจ้างแอบแฝงดำเนินชีวิตโดยไม่จำเป็นต้องเปลี่ยนวิธีดำเนินการ ซึ่งเชื่อมโยงกับสิ่งที่เกิดขึ้นกับชีวิตของอิตโทกิในปัจจุบัน
อิตโตกิพบว่ากลุ่มอิงะ ชิโนบิได้ทำสงครามเงียบๆ กับเผ่าโคงะ ชิโนบิมาระยะหนึ่งแล้ว โดยที่ไม่ได้เรียนรู้รายละเอียดเฉพาะของการแข่งขันกันระหว่างสองเผ่า การแข่งขันครั้งนี้เชื่อมโยงกับการตายของพ่อของเขาด้วย ซึ่งยืนยันได้อย่างมีประสิทธิภาพว่าเขาไม่เคยเสียชีวิตในอุบัติเหตุอย่างที่แม่ของเขาเคยเชื่อว่าเขา แม้ว่าจะไม่เคยเปิดเผยสาเหตุที่พ่อของอิทโทกิถูกสังหาร แต่ก็เป็นที่ทราบกันว่าสมาชิกของตระกูลโคงะกำลังหาทางล้างแค้นให้กับอดีตผู้นำของพวกเขา คิชินมารุ ความจริงที่ว่าผู้นำ Kouga คนปัจจุบันกำลังตั้งเป้าที่ Ittoki เพื่อการลอบสังหารโดยเฉพาะบอกเป็นนัยว่าพ่อของเขามีส่วนเกี่ยวข้องกับการตายของ Kishinmaru อย่างใด
อิตโทกิ ซากุระบะตัดสินใจอย่างหนักเกี่ยวกับอนาคตของเขา

ตอนนี้เขารู้ว่าเขาไม่ปลอดภัยที่จะใช้ชีวิตตามปกติแล้ว อิตโตกิจึงถูกบังคับให้ ตัดสินใจครั้งสำคัญเกี่ยวกับอนาคตของเขา . อันที่จริง เขามีตัวเลือกสามทาง: ฝึกฝนเพื่อเป็นนินจาและยึดครอง Iga Clan ในฐานะผู้นำคนใหม่ ถูกสังหารโดยกลุ่ม Kouga หรือซ่อนตัว ทางเลือกหลังจะปล่อยให้แม่ของเขาดูแลกลุ่มซึ่งอาจ วางชีวิตของเธอไว้บนเส้น . เนื่องจากอิตโทกิไม่สมควรปล่อยให้แม่ของเขาจัดการเรื่องยุ่งวุ่นวายของพ่อตามลำพัง อิตโทกิจึงไม่ลังเลใจที่จะเลือกเป็นนินจาและเข้ารับตำแหน่งผู้นำคนใหม่
เมื่ออิตโทกิตัดสินใจแล้ว เขาได้เรียนรู้ถึงการมีอยู่ของสถาบันนินจาโคคุเต็น ซึ่งควบคุมโดยคณะกรรมการมาตรการความมั่นคงแห่งชาติของนินจุสึหรือ NSC แม้ว่าจะเป็นสถาบันที่แท้จริง แต่ก็มีเพียงไม่กี่คนในญี่ปุ่นที่เชื่อในความชอบธรรมของการดำรงอยู่ของโรงเรียน ซึ่งช่วยให้ซ่อนโรงเรียนไว้ในที่ลับ ในการลงทะเบียนเรียนในโรงเรียนนั้น อิตโตกิจำเป็นต้องผ่านการสอบเข้ามรณะ ในกรณีนี้ ข้อสอบเป็นแบบฝึกหัดมากกว่าการเขียน และเพื่อให้อาจารย์ใหญ่โรงเรียนประเมินทักษะและศักยภาพของเขาในฐานะนินจา เขาต้องดูว่าเขาตอบสนองต่อสถานการณ์บางอย่างได้ดีเพียงใด
เพื่อทดสอบทักษะของเขา อิตโทกิถูกวางไว้ในที่สาธารณะ ในกรณีนี้คือซูเปอร์มาร์เก็ต และได้รับการประเมินว่าเขาสามารถใช้การพรางตัวเพื่อทำภารกิจได้ดีเพียงใดโดยไม่มีใครสังเกตเห็น โชคไม่ดีสำหรับ Ittoki การสอบของเขาถูก Satomi และนินจากลุ่ม Kouga ก่อวินาศกรรม เมื่อพวกเขาซุ่มโจมตีเขาภายในร้าน สิ่งนี้บังคับให้อิตโทกิเปิดฉากสาธารณะเพื่อบังคับให้พวกเขาถอยหนี แม้ว่า Ittoki จะได้รับแจ้งว่าเขาสอบผ่านแม้จะล้มเหลวในการพรางตัว แต่การยอมรับของเขาก็ยังเป็นลางไม่ดี ไม่เพียงแต่เปิดเผยว่าการสอบเข้าของเขาเกิดขึ้นในซูเปอร์มาร์เก็ตที่ควบคุมโดย Kouga แต่ยังบอกเป็นนัยว่าพวกเขาได้แทรกซึมเข้าไปในโรงเรียนและ NSC ด้วยเช่นกัน ซึ่งหมายความว่าชีวิตของ Ittoki ยังตกอยู่ในอันตราย